Ada penjelasan yang masuk akal berdasarkan teori biologi manusia, bagaimana sunat dapat mengurangi kemungkinan penularan HIV pada wanita dan pria. Lapisan kulit dangkal (kulup) dari penis mengandung sel-sel Langerhans, yang ditargetkan oleh HIV; menghilangkan kulup mengurangi jumlah sel-sel ini. Ketika penis yang tidak disunat berereksi selama hubungan seksual, permukaan bagian dalam kulup bersentuhan langsung dengan dinding vagina lalu akan menyediakan jalur untuk transmisi/penularan virus. Ketika penis yang tidak disunat dalam keadaan normal atau tidak tegang, bagian dalam kulup dan kepala penis memberikan lingkungan yang kondusif untuk patogen bertahan hidup; khitan akan menghilangkan bagian ini. Beberapa bukti eksperimental telah dibuktikan untuk mendukung teori ini.
Program WHO untuk HIV / AIDS menyatakan bahwa sunat dewasa adalah intervensi berkhasiat untuk pencegahan HIV, tetapi harus dilakukan dengan profesional medis yang terlatih. WHO menilai, sunat menjadi intervensi kesehatan masyarakat yang hemat biaya terhadap penyebaran HIV di Afrika. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC) telah menghitung bahwa sunat bayi yang baru lahir adalah hal yang paling murah dilakukan untuk pencegahan HIV di usia dini. Bukan hanya HIV, virus seperti Human papillomavirus (HPV) juga akan menular jika penis masih mempunyai kulup yang digunakan berbagai macam bakteri patogen berkembang biak. Sementara itu sebagian besar infeksi tidak menunjukkan gejala dan diketahui oleh sistem kekebalan tubuh, beberapa jenis virus menyebabkan kutil kelamin, dan jenis lainnya, jika tidak diobati akan menyebabkan berbagai bentuk kanker, termasuk kanker serviks dan kanker penis. Kutil kelamin dan kanker serviks adalah dua masalah yang paling umum akibat HPV. Riset membuktikan bahwa seorang pria yang disunat dipilih secara acak dan diperiksa dan hasilnya sedikit mungkin terinfeksi berbagai jenis penyebab kanker HPV dibandingkan pria yang tidak disunat.
